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从Github上轻松安装R包—githubinstall包

2016-06-15 17:41 风先生


1、综述


越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建,其中一部分原因是devtools包使得开发R包变得更加简单。devtools包不仅让开发R包变得简单,而且用于分发R包。


当开发者发布一个R包的时候,CRAN一般是最常用的。使用install.packages()函数可以安装发布在CRAN上的R包。devtools包的install_github()函数用于从Github上安装R包。


因此,开发者可以分发正在Github上开发的R包。此外,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向。例如,Twitter,Inc在Github上提供的AnomalyDetection包。这时我们可以通过devtools包轻松的安装该R包:



install.packages()install_github()函数所需的参数是不同的。install.packages()只需包名即可,而install_github()需要提供Github的仓库名。这意味着当你想从Github上安装一个R包的时候你必须准确的记得它的仓库名称。


麻烦的是,我们往往很难记住Github的用户名。开发者在给R包命名的时候一般会考虑包的名称,以便用户方便记忆。然而,他们在给自己取一个Github用户名的时候可能就没那么小心了。例如,ggfortify是Github上的一个非常好的包。但它是由谁开发的呢?用户名是什么呢?答案是sinhrks。我们似乎很难记住它。


githubinstall包提供了一种类似于install.packages()的方式,只需包名即可安装R包。


githubinstall()会从Github的仓库中搜索相应的R包,并询问你是否安装。


此外,如果你只是模糊的记得包名也可以安装成功,githubinstall包通过模糊的字符串会自动纠正包名。



2、详细资料


githubinstall包提供了若干有用的函数:

  • githubinstall 或者 gb_install_packages()

  • gh_suggest()

  • gh-suggest_username()

  • gh-list_packages()

  • gh_search_packages()

  • gh_show_source()

  • gh_update_package_list()


这些函数都有相同的前缀gh。githubinstall()gh_install_packages()的别名。在演示这些函数的用法之前,我们先加载下githubinstall



2.1 从Github上安装R包

给出包名即可,如果只是模糊的记得包名也没关系。



输入"1",按回车即可开始安装R包。建议安装的R包是通过Github上的R包列表给出的。该列表由Gepuro Task Views提供。如果有多个候选项,输入相应的数字即可。



2.2 给出建议的仓库

githubinstall()会提示你安装建议的R包,但我们可能只想知道都有哪些建议。gh_suggest()以向量的形式返回建议的仓库名。


此外,如果你只是模糊的记得Github用户名的时候,gh-suggest_username()函数非常有用。



2.3 列出R包

gh_list_packages()函数以数据框的形式返回Github上R包的仓库名列表。例如,你想知道谢大大(谢益辉,统计之都创始人)都开发了哪些R包,运行如下:


通过返回的结果,我们可以安装谢大大开发的所有R包。



2.4 通过关键词搜索R包

gh_search_packages()函数返回Github上所有标题包含给定关键词的R包。例如,搜索所有包含lasso关键词的R包,运行如下:



2.5 显示Github上给定R函数的源代码

gh_show_source()会在Github上查找指定R函数的源代码,并在默认浏览器中显示。


如果加载了该函数所属的R包,直接输入函数名即可。


该函数在Safari浏览器上可能有问题。


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